Создание Музея археологии и этнографии неразрывно связано с открытием в 1974 году Омского государственного университета. В сентябре 1974 года коллектив кафедры истории обратился к В. В. Пластинину, первому ректору ОмГУ, с предложением о создании историко-этнографического музея. На заседании ученого совета 4 ноября 1974 года было принято решение об образовании при гуманитарном факультете Музея истории Омского государственного университета, переименованного в 1976 году в Музей археологии и этнографии ОмГУ.
В октябре – ноябре 1974 года была создана первая экспозиция музея, а 3 декабря этого же года состоялось ее открытие. Организационное и научное руководство музеем стали осуществлять этнограф Н. А. Томилов и археолог В. И. Матющенко. Сейчас обширное собрание музея включает коллекции археологии, этнографии, палеонтологии, нумизматики и бонистики и другие, а также научную библиотеку, научные архивы, доступные широкой публике, но прежде всего студентам и преподавателям университета.