Церковное здание на Офицерской улице было заложено 24 июня 1859 года, на 800 мест (проект — архитектор Г. А. Боссе, строительство — архитектор К. К. Циглер фон Шафгаузен), освящено 27 ноября 1860 года. Здание было построено в псевдороманском стиле. Церковь имела большую шатровую колокольню. Для строительства была выделена значительна сумма из казны, остальное собрали сами прихожане, наибольшую активность среди которых проявляли барон Е. Ф. Мейендорф и лейб-медик Шольц. Всего расходы на здание составили 65 тысяч рублей серебром.

К приходу также относился ряд филиальных домовых церквей, в том числе при тюрьмах. При приходе функционировали церковная школа, богадельня и приют для сирот.

В 1930 году церковь была закрыта. Затем здание было перестроено в конструктивистском стиле, колокольня снесена, к главному фасаду пристроена лестница, внутри были сделаны перекрытия между этажами. Фасад был оштукатурен. Внутри здания расположился клуб.

В 1993 году в Санкт-Петербурге была зарегистрирована эстонская лютеранская община, которой 29 мая 1997 года было передано здание. С 25 ноября 2000 года здесь проходят регулярные  и богослужения и концерты классической музыки. Приход входит в Церковь Ингрии.