Освещаются вопросы выявления, организации и функционирования особо охраняемых природных территорий (ООПТ) на основе результатов проектирования заповедника, национального и природного парков, выделения и организации охраны памятников природы, их инвентаризации и картирования, разработке первого в России областного закона об ООПТ. Сформулированы определения терминов и понятий, организационных форм, сети и системы ООПТ, обосновывается принцип функциональной согласованности региональной сети ООПТ и концепция региональной системы ООПТ как информационной. Выделены оценочные критерии системного отбора под особую охрану территорий и объектов природы, принципы установления их границ и режимов охраны, поглощения (перекрывания) земель заповедного, природоохранного, рекреационного и оздоровительного назначения по уровням охраны при картографировании ООПТ и подсчёте их площадей. Предлагаемая методика картографирования ООПТ упорядочивает процесс инвентаризации их земель, унифицирует подсчёт площадей, обеспечивает достоверность статистических данных и их сравнимость по регионам. Организация региональных систем ООПТ позволит повысить функциональную эффективность и научно-информационную продуктивность заповедных территорий.