В четвертой книге «История правления Филиппа II» описываются военные действия против Оттоманской империи с 1559 года до осады Мальты в 1565 году. Последние главы книги посвящены истории сына Филиппа II, дона Карлоса, и заканчиваются смертью королевы Изабеллы.