В статье обосновывается необходимость совершенствования методологии проведения имитационных исследований. Рассматриваются направления совершенствования традиционной методологии проведения имитационного исследования сложных систем (ИИСС) на основе парадигмы абстрактных уровней исследования. Предлагается теоретико-множественный подход моделирования процесса ИИСС. Формулируется «желаемый» пользователем образ инструментального средства ИМ. В заключении приводятся примеры применения новой методологии.