Статья посвящена вопросам анализа программ развития сложных организационно-технических систем, отличительной особенностью которых являются невозможность финансовой оценки получаемых результатов и наличие вероятностных характеристик. Подробно рассмотрены модели проектов с неоднозначным исходом, а также проектов, допускающих повторное выполнение и многовариантность реализации. В качестве инструментария моделирования применяются временные стохастические сети Петри.