В статье представлена модель информационного обмена между участниками комплексного инновационного процесса в инновационных территориальных промышленных кластерах при реализации функций контроллинга, который координирует центр контроллинга кластера. В модели выделены основные функциональные сферы системы контроллинга, соответствующие шести циклам комплексного инновационного процесса, а также четыре уровня контроллинга информационных процессов в кластере: контроллинг контента, контроллинг приложений, контроллинг процессов, комплексный контроллинг информационной интеграции кластера и региона его локализации. В качестве примера задачи, решаемой предлагаемой системой контроллинга информационных потоков, рассмотрена задача классификации и отбора инновационных предложений (в том числе открытых инноваций) для их дальнейшего использования предприятиями кластера на основе применения инновационных фильтров четырех типов.