В статье представлены алгоритмы, позволяющие учитывать влияние факторов неопределенности на длительность и затраты, связанные с реализацией работ инновационного проекта. Отличительной особенностью данных алгоритмов является использование нечетких продукционных правил для выработки рекомендаций по управлению указанными проектами на основе распределения имеющихся ресурсов у организации в зависимости от результатов каждого этапа. Построенные алгоритмы учитывают нечеткие и временные характеристики инновационных проектов, что способствует повышению эффективности принимаемых решений. Предложен вариант формирования информационного обеспечения, который представлен в виде физической модели базы данных. Данная модель ориентирована на хранение имеющейся в промышленной организации информации, необходимой для управления указанными проектами, в том числе и сведений о влиянии факторов неопределенности на результативность их выполнения.