Рассматривается решение оптимизационной задачи продвижения инновационных проектов в регионы с применением комплексной имитационной модели с включением в ее состав модулей бактериальной оптимизации. В качестве объекта исследования выбран процесс формирования инновационного кластера. Комплексная модель выполнена в моделирующей системе «Actor Pilgrim» с реализацией временнóй, пространственной и финансовой динамики (деньги, финансовые инструменты) в едином виртуальном времени. Результаты моделирования привязаны к топографической информации различных масштабов.