Oparta na faktach historia dramatycznej rodzinnej tajemnicy, którą przez kilkadziesiąt lat skrywała główna bohaterka. Kwiecień 1944. Agnieszka, 16-letnia łączniczka AK wraca nocą z lasu ścieżką obok torów. Z przejeżdżającego transportu do Auschwitz ktoś wyrzuca owinięte w poduszkę niemowlę. Dziewczyna zabiera dziecko do rodzinnej wsi. Jak uzasadnić przed wszechobecnymi Niemcami nagłe pojawienie się dziecka? Ustrzec je i opiekunów przed tragicznym losem? Dziadek i wtajemniczony w sprawę miejscowy ksiądz ustalają, że Agnieszka zostanie podana za matkę, a za ojca jej kolega, partyzant AK. Tytuł „Tajemnica alei Klonowej” łączy się ze zwyczajem, który od dawna pielęgnują członkowie rodziny Klonowskich. Każdy nowo narodzony członek rodziny w dniu chrztu dostawał imiennika, drzewko klonu, które uroczyście sadzono. Po latach drzewka rozrosły się w aleję, tworząc jakby ciąg pokoleń … To jest historia dramatyczna i wojenna owiana tajemnicą.