Tres historias se entrelazan en el puerto de Valparaíso: en 1930, un hombre fabrica una ciudad en miniatura, y una niña se desvanece sin dejar rastro entre las calles del Cerro Alegre. En 1971, dos universitarios llegan a vivir a una casona en Valparaíso que alberga secretos. En 1989, un adolescente desadaptado recién llegado a la ciudad conoce a una chica extraña que colecciona huesos y se dedica a mirar los barcos, y juntos entablan una amistad que los llevará a escarbar en el pasado. El desaparecedor es una novela sobre la ciudad y el arraigo a los lugares, sobre el paso del tiempo y las cosas que se van.