В статье представлены результаты реализации федерального инновационного проекта «Модель инновационной системы непрерывного предпринимательского образования в образовательной организации высшего образования Российской Федерации» в 2021 году, созданной в соответствии с приказом Министерства науки и высшего образования РФ № 1580 от 25.12.2020 в Университете «Синергия». Целью реализации проекта является проектирование, создание и реализация инновационной системы предпринимательского образования в высшем учебном заведении РФ. Также анализируются актуальность и инновационность реализуемого проекта с позиции текущего положения предпринимательского образования в РФ на уровнях бакалавриата и магистратуры. Анализируются компетенции, которые образуют ядро профессиональной компетентности предпринимателя. На основании данного анализа приводится обоснование профессиональной компетентностной модели практико-ориентированного обучения по программам непрерывного предпринимательского образования. Раскрывается последовательность формирования универсальных, общепрофессиональных и профессиональных компетенций на уровнях бакалавриата и магистратуры по предпринимательским программам. Описанные подходы легли в основу доработки и улучшения матриц компетенций. Доказывается, что разработка гармонизированного учебного плана должна быть основана на предложенном подходе к формированию результатов обучения. Авторы описывают особенности проектирования методического контента, способствующего последовательному применению практико-ориентированных подходов в процессе реализации программ непрерывного предпринимательского образования, а также инновационных методик, технологий, обучения предпринимательству, траектории индивидуализации обучения по программам бакалавриата и магистратуры. Другие вопросы, которые рассматриваются в статье, раскрывают деятельность федерального инновационного проекта с позиций научных публикаций, распространения опыта в научном сообществе. На основании описанных результатов предложены рекомендации по дальнейшему формированию инновационной системы непрерывного предпринимательского образования в РФ.