Весьма актуальна научная разработка комплекса проблем по эффективной коммерциализации производства высокотехнологичной наукоёмкой продукции с непосредственным участием прикладных научных организаций, включая формирование и оценку системы основных факторов и условий, определяющих целесообразность её производства, методические особенности определения экономической и коммерческой эффективности, а также механизм организации производственного процесса. Цель работы состоит в дополнении теоретико-методологической базы оценки эффективности и управления системой коммерциализации производства высокотехнологичной наукоёмкой продукции с использованием потенциала прикладных научно-исследовательских организаций на основе методологии системного подхода с применением доходно-затратного метода.