Учебное пособие подготовлено на основе лекций по молекулярной динамике, читаемых автором на физическом факультете НГУ параллельно с курсом практических занятий по применению данного метода. Обсуждаются физические предпосылки, теоретические вопросы и способы реализации метода. Целью является формирование общего представления о методе и его возможностях. Данный курс может служить основой для начала самостоятельной работы с методом в применении к задачам физической химии и молекулярной биологии. Методам анализа молекулярно-динамических моделей, которые также обсуждаются в лекциях, предполагается посвятить вторую часть данного пособия «Анализ моделей». Предназначено для студентов старших курсов и научных работников, желающих познакомиться с методом молекулярной динамики.