Рассмотрен исторический процесс формирования подходов к обучению студентов в высших учебных заведениях исходя из современных концепций, в частности субъектно-ориентированного подхода. Изложен инновационный подход к формированию индивидуальных образовательных маршрутов и к структурированию содержания образования, рассмотрены особенности построения индивидуальной образовательной программы студента университета и алгоритмы моделирования информационно-образовательных систем управления процессом обучения с использование графовых моделей.