Корпус включает в себя два зала «Аквариум» и «Глубина».

В аквариальном зале можно увидеть экспозицию с великолепными морскими аквариумами, уникальными коллекциями раковин морских моллюсков и кораллов.

В экспозиции «Глубина» можно познакомиться с коллекциями барометров, измерителей течений, гидрофизических зондов, приборов и оборудования для подводных съемок, изучения глубин и оптических свойств, глубоководной техникой и многим другим. Но главными объектами экспозиции являются глубоководный обитаемые аппараты «Мир-1» и «Пайсис».

Кроме этого на втором этаже корпуса расположен зал со сменными выставками и лекционным пространством. На третьем этаже - смотровая площадка, откуда открывается вид на набережную исторического флота музея.