Музей располагается в самом центре главного здания Казанского федерального университета. Это помещение много раз меняло свое предназначение: после Октябрьской революции использовалось как физкультурный зал, в военное время было общежитием для эвакуированных сотрудников Академии наук СССР, позднее служило читальным залом Научной библиотеки им. Лобачевского. Открытие музея было приурочено к 175-летию Казанского государственного университета в 1979 году.

Музей посвящен двухвековой истории возникновения, становления и развития Казанского университета: от императорского до федерального. Большое внимание уделено знаменитым студентам и выпускникам университета: государственным деятелям, деятелям науки, культуры, литературы и искусства, спорта. Среди них – С. Т. Аксаков, Н. И. Лобачевский, И. М. Симонов, А. М. Бутлеров, Л. Н. Толстой, В. И. Ульянов-Ленин, Е. К. Завойский, А. Е. Арбузов и др. В экспозиции показана роль передовых ученых и демократически настроенного казанского студенчества в общественно-политической жизни России XIX – начала ХХ в. В каждом разделе экспозиции можно увидеть реликвии прошлого и настоящего, ставшие свидетелями множества событий в истории университета и страны.