Музей открылся в января 2024 года в списанном противоатомном бомбоубежище советских времен. Он является контактным, то есть абсолютное большинство экспонатов лежит открыто, без витрин, и к ним допускается аккуратно прикасаться. А в сопровождении гида можно самостоятельно запускать многие образцы подлинного советского оборудования.
Залы музея поделены на 3 зоны. В зоне «Подземная Москва» размещены экспонаты и наглядные материалы по искусственным подземным сооружениям города: от коллекторов и каменоломен до бункеров и метрополитена. В зоне «Гражданское убежище» можно познакомиться с сохранившимся оснащением бывшего бомбоубежища 1972 года постройки, а также с несколькими сотнями экспонатов, связанных с подземной защитой мирного населения. В зоне «Секретный бункер» собраны артефакты из наиболее интересных и технически оснащенных подземелий – советских защищенных спецобъектов для правительственной связи и управления в военное время.
Суммарно коллекция насчитывает более 1 000 экспонатов по подземным сооружениям и гражданской обороне. В музее ведется активная научно-исследовательская работа по историческим подземельям Москвы и других регионов, проходят научно-популярные лекции и конференции специалистов.