Основу учебного и научного анатомических музеев в качестве подразделения кафедры заложил первый заведующий кафедрой анатомии и гистологии животных Сельскохозяйственной академии им. К. А. Тимирязева Борис Константинович Гиндце (1881–1953) в 1935 году. Основным направлением исследований Б. К. Гиндце было изучение артериальной системы головного мозга человека и домашних животных, благодаря чему музей располагает коллекцией экспонатов сосудов головного мозга млекопитающих.

Научная часть музея располагает богатой коллекцией по анатомии животных самых разных систематических групп: включает коллекции В. Я. Бровара по аппарату движения в сравнительном и возрастном аспектах, Ипполитовой В. И. – по нервной системе домашних млекопитающих и др.

Учебная экспозиция составлена по системному принципу в соответствии с программами преподаваемых дисциплин настолько подробно, что студенты могут самостоятельно прорабатывать многие разделы курса. Остеологическая коллекция включает как собранные скелеты основных видов домашних млекопитающих и птиц, так и отдельные кости. Широко представлены мышечные, нервно-мышечные и нервно-сосудисто-мышечные препараты. Значительное место занимают экспонаты систем пищеварения, дыхания, мочевыделения, половой системы, кожи и ее производных, нервной и сосудистой систем и органов чувств.