Школа ведет свое начало от сентября далекого 1967 года, в котором в соответствии с распоряжением Исполкома Моссовета было приказано открыть Детскую художественную школу № 3 в Дзержинском районе с контингентом учащихся 30 человек на базе общеобразовательной школы № 265.
Уже намного позднее, в 2001 году, школе присвоено имя В. А. Ватагина – российскиского и советского графика и скульптора-анималиста, педагога, профессора, также широко известного как иллюстратора, оформившего большое количество книг, среди которых произведения Р. Киплинга, Д. Лондона, Л. Толстого, Э. Сетон-Томпсона. С тех пор школа в своей программе делает упор на анималистику.
Школа отличается широким спектром образовательных дисциплин: помимо основных (рисунка, живописи, композиции, истории искусств), преподается макетирование, монументально-декоративная композиция, основы проектирования, компьютерная графика и анимация, компьютерная грамотность, цифровая фотография, история костюма, гончарное дело, анатомические наброски. Часть программ является факультативными.
Также с 2017 года несколько дней в году по субботам проходит серия тематических мастер-классов от мастерской #тыжхудожник: дети учатся шить броши из фетра, украшать их бисером, валять, познают технику декупажа, делают поделки из эко-материалов.
Школа активно участвует в культурной деятельности Москвы. Является частным участником российских и международных фестивалей и конкурсов.