Дата создания театра – 16 июля 1996 года. С 1996 по 2020 год художественным руководителем был его основатель – режиссер, народный артист РФ Роман Виктюк, известный собственным неповторимым стилем, соединяющим символизм с русским психологическим театром, который стал началом для целого театрального направления.

С декабря 2020 по апрель 2022 года художественный руководитель театра – режиссер Денис Азаров. Он дал новый импульс развитию театра и его эстетики, выпустив спектакли «Пир» по поэзии обэриутов и «Мертвые души» по роману Николая Гоголя.

С мая 2022 по июнь 2024 года театром управлял художественный совет. В июне 2024 года на должность художественного руководителя назначен российский театральный деятель, обладатель ряда наград, режиссер Константин Богомолов. Директором стала Валентина Яковлева.

В январе 2025 года театр «Сцена «Мельников» вошел в состав Театра на Малой Бронной, став его новой сценической площадкой. В репертуаре будут представлены спектакли разных стилей и эстетики, полностью отвечающие запросам современного театра.

Здание, в котором располагается сценическая площадка – знаменитый Дом культуры имени Русакова, памятник эпохи конструктивизма, спроектированный архитектором Константином Мельниковым.