Городская клиническая больница № 25 является правопреемником Центральной медико-санитарной части № 25, которая была основана в 1950 году в качестве регионального центра для обследования, лечения и реабилитации работников самой приоритетной отрасли страны – атомной промышленности и энергетики.

В связи с происходящими изменениями в здравоохранении страны с 1991 по 1996 годы происходила реорганизация ЦМСЧ-25, которая вышла из состава Федерального управления медико-биологических и экстремальных проблем при МЗ РФ. В течение 1997 года ЦМСЧ-25 находилась в составе лечебно-профилактических учреждений управления здравоохранения администрации Новосибирской области. Процесс реорганизации ЦМСЧ-25 был завершен в марте 1998 года.

На основании постановления мэра г.Новосибирска от 26.01.1998 № 71 оставшиеся подразделения ЦМСЧ-25 были реорганизованы путем разделения и правопреемником ЦМСЧ-25 стало Муниципальное учреждение здравоохранения «Муниципальная клиническая больница № 25», зарегистрированное в Новосибирской городской регистрационной палате 13 марта 1998 года. В декабре 2002 года во исполнение информационного письма управления здравоохранения мэрии № 1138/1-6 от 18.10.2002 наименование больницы было приведено в соответствие с утвержденной номенклатурой наименований лечебно-профилактических учреждений.