Музей носит имя одного из основоположников космонавтики, учёного-самоучки Ю.В. Кондратюка (А.И. Шаргея).

С 1993 года музей находится в здании-памятнике истории регионального значения «Дом, где работал Ю.В.Кондратюк».  

К 2024 году в здании проведена полная реконструкция. Здание восстановило свой первоначальный вид, включая надписи «Акц. Ово. СОЮЗХЛЕБ» и указание периода строительства «VIII  XI 2024» (20 августа-30 ноября 1924 года).

В 2017 году здание признали аварийным, но к 2024 году его полностью восстановили и приспособили под музейные нужды.

В ходе реконструкции дом сохранил исторический облик (восстановлен по фотографиям 1934 года) и оригинальные декоративные элементы фасада. Здание обрело свой первоначальный вид, включая надписи «Акционерное общество Союзхлеб» и указание периода строительства «20 августа-30 ноября 1924 года».

В музее появились и новые детали, такие как лестница для посетителей, светильники с рисунками Кондратюка. Также можно увидеть тень Кондратюка в оконных проемах и в самом здании.

В экспозиции есть такие экспонаты, как ракетный двигатель, спускаемый аппарат «Зенит-2», фотоэлектронные умножители, используемые для работы автоматических межпланетных станций, модель самолета испытанная в аэродинамической трубе, фрагмент грузового отсека от самолета «Буран», побывавшего в космосе, бак отопления с чердака исторического здания и флаг НСО, побывавший в космосе вместе с Анной Кикиной. Многие экспонаты музея – наработки сотрудников новосибирских заводов и ученых, использованные для развития космонавтики в стране.