Музей основан в 1953 г. при кафедре истории России (современное название) исторического факультета ПГУ. Музей кафедральный, подчиняется заведующему кафедрой.
В основу коллекции были положены материалы археологических раскопок, проводившихся на территории Пермской области основателем уральской школы археологии профессором Отто Николаевичем Бадером. Фонды музея постоянно пополняются за счет ежегодных раскопок Камской археологической экспедиции, созданной в 1947 году.