История Школы начинается со дня, когда в соответствии с утвержденным Министерством культуры РСФСР планом развития сети учреждений культуры на 1977 год и распоряжением Исполкома Ленгорсовета № 1179-р от 12.10.1977 был издан приказ Главного управления культуры Исполкома Ленгорсовета № 248 от 22.10.1977 об открытии Детской музыкальной школы № 28 Калининского района Ленинграда – так появилась музыкальная школа, которой по прошествии времени было суждено стать Санкт-Петербургской детской школой искусств № 12, а затем 23 апреля 2021 года, в день 130-летия со дня рождения великого русского композитора и пианиста Сергея Сергеевича Прокофьева, обрести его имя. Это чрезвычайно важное событие для коллектива Школы, которое несомненно повлияет на определение основополагающего вектора развития образовательного учреждения.

В Школе созданы и на постоянной основе ведут работу творческие коллективы: Хореографический ансамбль «Хорошка»; Оркестр аккордеонистов-баянистов; Ансамбль ударных инструментов; Ансамбль деревянных духовых инструментов; Ансамбль гитаристов; Ансамбль скрипачей; Ансамбль домристов; Младший хор хорового отдела; Старший хор хорового отдела; Хор инструментальных отделений.

Обучение детей основывается на изучении лучших образцов хореографического наследия, сочинений русской и зарубежной классической музыки от истоков, до современности.

В 2021 году Школа становится лауреатом регионального этапа Общероссийского конкурса «Лучшая детская школа искусств».