Выставка «Героическая оборона Ленинграда» была открыта в Соляном городке 30 апреля 1944 года. Первыми посетителями музея были непосредственные участники событий, бывшие фронтовики, блокадники. К 1949 году на выставке побывало более миллиона человек.
Начавшееся в конце 1940-х годов так называемое «Ленинградское дело» привело к полному уничтожению уникального музея, чье руководство было обвинено в извращении хода исторических событий в годы Великой Отечественной войны.
8 сентября 1989 года состоялось торжественное открытие возрожденного музея.
С 2018 по 2019 год в здании проведены научная реставрация и создание новой экспозиции. Ключевыми темами стали бои на Ленинградском фронте, организация движения транспорта по Ладожскому озеру, а также освещение жизни ленинградцев в окруженном городе в 1941-1944 годах. Мемориальный характер экспозиции подчеркивается предметами, использовавшимися в блокированном городе, а также на Ленинградском фронте.
В настоящее время в собрании музея имеются свыше 53 тысяч экспонатов. Среди них – 7 тысяч произведений графики, живописи и скульптуры, 19 тысяч рукописно-документальных материалов, почти 4 тысячи предметов солдатского и блокадного быта, а также 20 тысяч фотографий, 3,5 тысячи орденов, медалей и знаков, свыше 500 предметов техники и вооружения и книги, изданные в блокадном Ленинграде.
Началось формирование сети филиалов музея – главном павильоне Московского парка Победы и бункере адмирала В.Ф. Трибуца.