Минералогический музей Томского государственного университета основан в 1888 году. Его фонды насчитывают от 30 тысяч образцов, представляющих 600 видов и разновидностей царства минералов. Гордостью музея являются коллекции, собранные в конце XIX – начале XX века известными учеными, инженерами и золотопромышленниками В. А. Обручевым, А. М. Зайцевым, П. П. Пилипенко, П. П. Ивановым, З. М. Цибульским и др.
Пополнение музейного собрания осуществлялось преподавателями и студентами университета на месторождениях Урала, Алтая, Саян, Кузнецкого Алатау, Восточного и Западного Танну-Ола, Монголии, Забайкалья, Приморья, Кольского полуострова, Якутии и др. Нередко образцы и изделия из минералов передают в дар музею выпускники геолого-географического факультета ТГУ.
Фонды музея используются для учебной, научной и просветительской деятельности. Экспозиция открыта для исследователей, студентов университета и для широкого круга гостей.