История Детской школы искусств № 3 начинается в сентябре 1964 года. С тех пор она прошла долгий и интересный путь от занятий с 48 учениками в двух арендованных кабинетах до обучения более 1 500 детей и взрослых в просторном здании с концертным залом, уютными учебными классами, художественными мастерскими.
В 2005 году в связи с началом обучения детей хореографическим и художественным дисциплинам Детская музыкальная школа меняет свой статус, становится Детской школой искусств – одной из первых в Томской области. В 2007 году – вошла в число победителей Всероссийского конкурса «Детские школы искусств – достояние Российского государства». В 2012 году Муниципальное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования детей «Детская школа искусств № 3» города Томска и Муниципальное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования детей «Детская школа искусств № 6 » города Томска реорганизованы в форме присоединения МБОУДОД «ДШИ № 6» к МБОУДОД «ДШИ № 3».
Сегодня школа имеет статус автономного учреждения. Школа ведет деятельность по трем направлениям: музыкальное, художественное и хореографическое; по 19-ти специализациям. Действуют 11 творческих коллективов, из которых пять имеют звание «Образцовый».