«Следственная тюрьма НКВД» — первый музей в стране, посвященный истории массовых репрессий в СССР, он был основан в 1989 году. Музей расположен в подвальном помещении здания, в котором в 1923–1944 годах находилась внутренняя тюрьма Томского городского отдела ОГПУ-НКВД. Рядом с музеем расположен Сквер Памяти, где установлены памятники жертвам политических репрессий.

В 2022 году Фондом Памяти при участии Музея истории ГУЛАГа и Томского областного краеведческого музея имени М.Б. Шатилова была проведена масштабная реконструкция Музея.

Новая постоянная экспозиция размещена в мемориальной зоне Музея, где воссозданы габариты девяти бывших тюремных камер. Одна из них музеефицирована в первоначальном виде, в остальных размещены тематические модули, посвященные истории массовых репрессий в СССР.

Особое внимание уделено наследию репрессий на территории современной Томской области, таким как история Чаинского восстания, Назинской трагедии, массовым арестам в селе Белосток, расстрельным полигонам близ горы Каштак и в Колпашево.

В Музее также работает Центр документации, где можно получить консультацию по поиску информации о репрессированных родственниках. Музей располагает электронным банком данных почти на 200 тысяч человек, прошедших за годы Советской власти на территории Томской области.