Зоологический музей Томского государственного университета был основан в 1888 г. Первые музейные предметы начали поступать в Томск в виде пожертвований еще в период строительства университета: коллекции птиц и млекопитающих Центральной и Восточной Азии И. Ф. Каменского и Г. А. Колпаковского, морских беспозвоночных Ледовитого океана Н. А. Э. Норденшельда и др. В дальнейшем собрание пополнялось в результате научных исследований зоологов университета. Оно включает различные формы хранения зоологических коллекций: чучела, тушки, шкурки, влажные препараты, скелеты, микропрепараты. Экспедиционную работу и исследования проводили такие известные профессора, как Г. Э. Иоганзен, М. Д. Рузский, В. В. Сапожников, Г. Х. Иогансен, С. У. Строганов. Их имена вписаны в историю музея.
В настоящее время в музее хранятся коллекции млекопитающих, птиц, земноводных и пресмыкающихся, рыб, низших хордовых и беспозвоночных животных. Музей имеет библиотеку, собрание которой включает научные монографии, журналы, оттиски статей, сборники материалов научных конференций по зоологической и экологической тематике, а также научно-популярные издания. Фонды используются для учебной, научной и просветительской деятельности.
Экспозиция, открытая не только для исследователей и студентов университета, но и для широкого круга гостей, знакомит посетителей с разнообразием животного мира планеты, а также с представителями фауны Сибири.