Флейта — один из древнейших музыкальных инструментов, чья история насчитывает более 40 000 лет, начиная с костяных свистков первобытных людей. На протяжении веков флейта прошла путь от простой тростниковой дудочки до сложного оркестрового инструмента, обретя клапаны и современный строй в XIX веке благодаря Теобальду Бёму. . Орган, в свою очередь, считается одним из самых древних клавишных инструментов, чья история начинается с водяного органа — гидравлиса — в Древней Греции.  Несмотря на внешние различия, флейта и орган имеют глубокую внутреннюю связь: оба инструмента относятся к классу аэрофонов, где звук рождается из колеблющегося столба воздуха. Принцип звукоизвлечения в органных трубах — лаборальных (flue pipes) — практически идентичен принципу звукоизвлечения на флейте: воздушная струя рассекается о грань, вызывая колебания воздуха в трубке. Именно поэтому органные трубы часто называют «флейтами» — регистры с таким названием имитируют тембр поперечной флейты. В эпоху барокко флейта и орган часто звучали вместе: композиторы, такие как И. С. Бах, писали трио-сонаты для флейты и органа, подчёркивая их тембральное родство.  Органные регистры, такие как Rohrflöte, Waldflöte и Blockflöte, прямо отсылают к флейтовой семье инструментов, подтверждая их общее акустическое происхождение.  В романтическую эпоху флейта стала обязательным инструментом в органных концертах, а такие композиторы, как Сезар Франк и Луи Вьерн, создавали произведения для этого дуэта.  Таким образом, история флейты и органа — это не две параллельные линии, а переплетение традиций, где оба инструмента обогащают друг друга и по сей день.