В настоящем учебном пособии представлен базовый материал, необходимый для овладения знаниями и первичными навыками по компьютерному моделированию молекулярной динамики. Пособие включает в себя краткий лекционный материал, раскрывающий ключевые идеи и понятия, описание и примеры компьютерных программ, блок-схем основных процедур молекулярно-динамических расчетов, а также набор задач, связанных как с численными расчетами, так и визуализацией результатов моделирования. При работе с учебным пособием потребуется владение знаниями по классической механике, статистической физике и термодинамике, а также навыки в программировании. Работа с настоящим учебным пособием позволит овладеть навыками по составлению алгоритмов, связанных с моделированием молекулярной динамики; понять физические принципы, лежащие в основе современных вычислительных пакетов по компьютерному моделированию динамики многочастичных систем. Учебное пособие предназначено для студентов бакалавриата и магистратуры физических специальностей высших учебных заведений, а также для аспирантов естественно-научных специальностей, интересующихся реализацией моделирования динамики многочастичных систем.