В экспозиционном корпусе «Глубина» размещены две постоянные экспозиции: «Глубина» и «Аквариум».

Развернувшаяся в здании фондохранилища музея экспозиция «Глубина» рассказывает о достижениях исследователей в изучении океана, знакомит с коллекциями приборов и оборудования для изучения глубин и оптических свойств, глубоководной техникой и многим другим. В экспозиции можно увидеть макет уникального советского немагнитного судна «Заря».

Центральным объектом экспозиции является легендарный глубоководный обитаемый аппарат «Мир-1»: на нем погружался в Байкал президент России; аппарат участвовал в Российской полярной экспедиции «Арктика-2007», погружался к затонувшим кораблям и подводным лодкам, проводил глубоководные исследования, делал глубоководные съемки для документальных и художественных фильмов.

Экспозиция оборудованы интерактивными и мультимедийными экспонатами. Также посетителей ждут захватывающие киносеансы.

Экспозиция «Аквариум» состоит из 14 морских и пресноводных аквариумов где проживают около 300 гидробионтов.