Краеведческий музей расположен в уникальном здании – Городском торговом корпусе, архитектурном памятнике федерального значения. Здание было возведено в 1911 году по проекту знаменитого архитектора Андрея Крячкова.

На трех этажах, на площади более 2 500 квадратных метров, развернуты экспозиции и выставки, посвященные истории и культурному наследию региона. Посетить все экспозиции можно по единому билету.

Основная идея постоянной экспозиции «Сибирь в древности» – показать не хронологическое развитие отдельных народов Сибири, а дать комплексную картину жизни целых регионов: скотоводов-кочевников на юге Сибири, земледельцев в долинах Оби и Енисея, охотников и рыболовов в таежных зонах, оленеводов на крайнем севере. В залах представлено оружие, вооружение и амуниция, ремесленные инструменты для обработки дерева, кости, бересты, сельскохозяйственные орудия труда, приспособления для бронзолитейного и гончарного производства, ткачества и плетения, украшения и женская одежда, одежда ненцев, нганасанов, эвенков. Также представлены экспонаты из обширной шаманской коллекции музея.

Постоянная экспозиция «История Новосибирской области» дает комплексное представление о развитии и становлении региона: от освоения русскими Южной Сибири до 2000-х годов. В залах представлены предметы быта, орудия труда, одежда переселенцев, военные мундиры, награды, одежда крестьян и городских жителей, предметы быта, инструменты и орудия труда 1930-х годов, обмундирование, оружие, боеприпасы и предметы солдатского быта, фотографии и документы времен Великой Отечественной войны. В залах музея воссозданы уголки квартир типовых многоквартирных домов. Представлены материалы о жизни региона в «период застоя» и эпоху «Новой России». Современные выставки проходят на втором этаже музея.