Коллекция музея находится в трех залах, экспонаты музея отражают поэтапное развитие подводных силовых структур страны, их боевое применение в военный период.

«Музей истории подводных сил России им. А. И. Маринеско» создан распоряжением губернатора Санкт-Петербурга В. А. Яковлева в дни празднования 52-й годовщины Победы советского народа в Великой Отечественной войне – 7 мая 1997 года для увековечивания боевых подвигов подводников России, изучения истории создания и развития ее подводных сил, пропаганды их боевого прошлого, а также для патриотического воспитания молодежи.
В основу фондов легла коллекция музея «Действия подводных лодок типа «С» на Балтике в 1941-1945 гг.» ленинградской общеобразовательной школы № 189. К настоящему времени коллекция Музея включает в себя более 80 моделей подводных лодок, произведения изобразительного и декоративно-прикладного искусства, а также подлинные предметы, иллюстрирующие жизнь подводников.

Место музею выбрано не случайно, вблизи от Богословского кладбища. Волею судеб на нем нашли свой вечный покой Герои Советского Союза А. И. Маринеско, Н. А. Лунин и еще многие прославленные моряки-подводники.

Музейная экспозиция расположена в трех залах общей площадью 303 кв.м. в хронологическом порядке. Это позволяет посетителям последовательно знакомиться с зарождением, развитием и совершенствованием отечественных Военно-морских подводных сил и их активном участии в защите морских рубежей отечества.

За годы своей деятельности музей стал неотъемлемой частью Калининского района и радушно ждет жителей и гостей города, которые хотят познакомиться с историей подводных сил отечественного Военно-морского флота.