Музей расположен в квартире внутри Российской академии музыки имени Гнесиных. Здесь последние восемнадцать лет жизни прожила Елена Фабиановна Гнесина (1874-1967) – легендарная фигура в истории российской культуры. В течение 72 лет она возглавляла созданный замечательной семьей Гнесиных, пятью сестрами и братом Михаилом, комплекс музыкальных учебных заведений, носящий их имя.
Гнесины всегда жили в том же здании, где находилось их детище. При строительстве современного здания Института, ныне Академии имени Гнесиных (построено в 1946 г.), в нем была также запланирована квартира, где проживали сестры Елена (директор института) и Ольга Гнесины. После смерти Елены Фабиановны в квартире была сохранена без изменений вся обстановка и в 1969 году создан музей – один из немногих, где мемориальная экспозиция полностью соответствует облику дома при жизни его хозяев. Открытый для посетителей в 1970 году, это – единственный в Москве музей-квартира, расположенный внутри вуза.